Le laboratoire du Dr Serge McGraw vise entre autres à comprendre comment, au cours du développement de l’embryon, les perturbations du programme épigénétique de l’embryon peuvent être impliquées dans la survenue de troubles du développement prénataux ou postnataux.
Sous la responsabilité du directeur du Dr McGraw, la personne candidate devra identifier, annoter et analyser des profils épigénétiques (e.g., méthylation ADN, modifications d’histone) et transcriptomiques à partir de données de séquençage (e.g., Methyl-Seq, ChiP-seq, RNA-seq, single-cell RNA-seq) fait sur des embryons de souris et cellules souches pluripotentes induites dérivée de patients, ainsi que faire l’interprétation des résultats. Le but est de découvrir les mécanismes moléculaires impliqués dans la dérégulation des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN, modifications des histones), résultant d’une exposition environnementale néfaste (par exemple, exposition prénatale à l’alcool de la mère) ou du dysfonctionnement d’enzymes modificatrices épigénétiques (par exemple, DNMT3A, DNMT1), et leur impact pendant la spécification de la lignée cellulaire et le développement du cerveau.
La personne candidate aura l’opportunité de développer des projets et collaborations sur divers modèles de cellules souches et de souris, ainsi que sur des cellules souches pluripotentes induites par des patients (iPSC) et des organoïdes corticaux 3D en utilisant le séquençage et la bio-informatique de nouvelle génération de pointe. Les projets proposés sont conçus pour permettre à la personne candidate de jouer un rôle de premier plan dans les décisions relatives à l’orientation du projet.
Responsabilités :
- Implémenter et développer des procédures de traitements de données informatiques dans le laboratoire;
- Implémenter et développer des procédures reliées à l’intelligence artificielle en utilisant des données publiques et les données du laboratoire;
- Contribuer à la production d’analyses et données pour articles et publication du projet;
- Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
- Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses.
Environnement de travail : Laboratoire avec une expertise dans les technologies de pointe rattachées à l’étude de l’épigénome. L’apprentissage des approches nécessaires se fera dans un environnement et encadrement dynamiques, inclusifs et sécuritaires, afin d’assurer le succès de la thèse. La personne candidate sera directement supervisée par un bio-informaticien d’expérience au quotidien, et aura également l’occasion d’interagir et collaborer avec d’autres groupes de recherche avec des intérêts similaires. Ce projet offrira une excellente occasion de travailler en académique et industrie.