Projet de chercheur avec bourse

Développement de l’œsophage et de la trachée, iPSC, Organoïdes, séquençage ARN cellule unique (Single-Cell RNA sequencing)

Description générale du projet

Au cours du développement embryonnaire, l’œsophage et la trachée se développent à partir de la partie antérieure de l’intestin antérieur (IA). Une perturbation de la séparation de l’IA en deux tubes distincts entraîne des malformations telles que l’atrésie de l’œsophage et la fistule trachéo-œsophagienne (AO). Les mécanismes qui sous-tendent le développement embryonnaire et fœtal de l’AO sont mal compris. Ce projet vise à comprendre les mécanismes à l’origine de l’AO.

Notre laboratoire se concentre sur la génération de l’épithélium œsophagien et respiratoire mature en utilisant des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) saines et dérivées de patients afin de mieux comprendre les voies de signalisation impliquées dans le développement normal et anormal de l’œsophage et de la trachée.

L’objectif 1 du projet analysera si l’expression de SOX2 dans l’intestin antérieur est régulée par de longs ARN non codants et/ou si l’expression de SOX2 est régulée épigénétiquement. Ces mécanismes pourraient être impliqués pour expliquer les différences dans l’expression des gènes qui ne sont pas observées au niveau génomique chez les patients avec AO.

L’objectif 2 testera l’hypothèse selon laquelle une faible expression de SOX2 dans l’intestin antérieur entraîne un développement anormal de l’œsophage et un maintien anormal de l’identité de l’œsophage en utilisant des siRNA dans des iPSC sains pour diminuer de façon transitoire l’expression de SOX2 dans l’intestin antérieur.

Exigences/pré-requis

Étudiant(e) diplômé(e) très motivé(e) ayant une expérience de la recherche en laboratoire. Les candidats doivent être titulaires d’un baccalauréat ou d'une maîtrise en sciences biomédicales, en biochimie, en physiologie ou en biologie cellulaire ou moléculaire. La connaissance du français et de l'anglais est un atout. Le candidat doit être formé à la culture cellulaire, à la RT-PCR, aux méthodes immunologiques telles que l'IHC/IF, une expérience avec les iPSCs et le scRNAseq serait appréciée, mais pas nécessaire. Les étudiants participeront à des cours scientifiques et professionnels, à des réunions de laboratoire et à des clubs de lecture, et participeront à des conférences scientifiques nationales et internationales.

Bourse

Les candidats retenus bénéficieront de bourses de recherche (salaire basé sur la politique du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine) et seront fortement encouragés à se présenter à divers concours pour l'obtention de bourses d'études.

Marche à suivre

Les candidats intéressés sont priés d’acheminer leur curriculum vitae, leurs relevés de notes universitaires, leur lettre de motivation et les coordonnées de 2-3 personnes références, à : christophe.faure@umontreal.ca; anu.david@umontreal.ca

Références

Raad S, David A, Que J, Faure C. Genetic Mouse Models and induced Pluripotent Stem Cells for Studying Tracheal-Esophageal Separation and Esophageal Development. Stem Cells Dev. 2020 Jul 2. doi: 10.1089/scd.2020.0075.

Raad S, David A, Chung W, Faure C. Generation of three induced pluripotent stem cells lines from patients with esophageal atresia/ tracheoesophageal fistula type C. Stem Cells Research 2022 https://doi.org/10.1016/j.scr.2022.102711

Raad S, David A, Sagniez M., Orfi Z., Dumont N., Smith M., Faure C. iPSCs derived from esophageal atresia patients reveal SOX2 dysregulation at the anterior foregut stage. Dis Mod Mech 2022 https://doi.org/10.1242/dmm.049541

Date de publication

9 mars 2023
POSTE DISPONIBLE

Superviseur

Christophe Faure

Lieu de travail

CHU Sainte-Justine

Programmes où le candidat peut être encadré

Sciences biomédicales

Cycles d'études

M. Sc.
Ph. D.

Date limite

Poste ouvert jusqu’à ce qu’il soit comblé.

Projet de chercheur avec bourse

Soumettre ma candidature

Les candidats intéressés sont priés d’acheminer leur curriculum vitae, leurs relevés de notes universitaires, leur lettre de motivation et les coordonnées de 2-3 personnes références.